合法運營保障：醫療機構執業許可證是醫療機構合法開展診療活動的法定憑證。只有取得該證，醫療機構才能進行疾病診斷、治療、預防保健等醫療服務，否則屬于非法行醫，將面臨嚴厲的法律制裁，如罰款、取締、追究刑事責任等。
增強信任度：對于患者來說，有許可證的醫療機構意味著其經過了政府部門的審核，在人員資質、設備設施、醫療質量等方面有一定保障，更愿意選擇這樣的機構就醫。對于合作伙伴如藥品供應商、醫療器械廠商等，也更愿意與有合法資質的醫療機構合作。
規范行業管理：有助于衛生健康等行政部門對醫療機構進行有效監管，促使醫療機構遵守相關法律法規和醫療規范，保障醫療市場的正常秩序，推動醫療行業健康發展。
準備材料：通常包括設置醫療機構批準書或備案回執、醫療機構用房產權證明或使用證明、醫療機構建筑設計平面圖、驗資證明和資產評估報告、醫療機構規章制度、醫療機構法定代表人或主要負責人的資格證書和執業證書復印件、醫療機構申請執業登記注冊書等。
提交申請：可登錄當地衛生健康行政部門指定的辦事平臺進行網上申報，按系統提示填寫醫療機構的基本信息，并上傳各類材料。也可前往所在區的政務服務大廳衛生健康行政窗口現場提交申請材料。
材料審核：衛生健康行政部門對申請材料的完整性、真實性和合法性進行審核，若材料不齊全或不符合要求，會通知申請人補充或修改。
現場核查：材料初步通過后，相關工作人員會到現場核查場地、設備、人員等實際情況，檢查是否與申請材料一致，是否符合醫療機構的基本標準。
審核發證：經現場核查通過且材料審核無誤后，衛生健康行政部門將核發醫療機構執業許可證，申請人可前往指定地點領取。
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